Im Jahr 1469 erreichte Kaiser Friedrich III. anlässlich einer Wallfahrt nach Rom bei Papst Paul II. die Zustimmung zur Gründung zweier Bischofssitze in Wien und Wiener Neustadt. Darufhin war Mödling von 1475 bis 1556 Pfründe des Domdechants von Wien. Einer von ihnen, Herzog Przemysl von Troppau, Domherr zu Breslau, Olmütz und Wien hat, anders als viele andere Domdechanten, sein Amt als Pfarrer von Mödling sehr ernst genommen und auch ausgeübt.

Er war während der Bauzeit der derzeitigen Kirche Pfarrer in St. Othmar. Da der Vorgängerbau nur nach und nach vergrößert wurde, konnten während der langen Bauzeit weiter Messen gelesen werden. Das wird auch durch die kontinuierliche Nennung mancher Altäre in der oberen Pfarrkirche in Mödling in den Heiligenkreuzer und Augustiner Grundbüchern der Jahre 1430, 1450 und 1497 deutlich.

Er starb am 17. Februar 1493 (im selben Jahr wie Kaiser Friedrich III.), sein Grabstein steht an der Nordwand (Bild oben). Auf dem Grabstein befindet sich folgende Inschrift:

Anno Domini 1493.17.februarii obiit hic illustris princeps Primislaus Opavie dux.Wratislaviensi.Olemucensis et Wiennensis. Ecclesiarum canonicus plebanus hic in Medling atque decanus Wienne Austrie, cuius anima vivat Deo. Amen

Herzog Przemysl von Troppau wohnte im Herzoghof in Mödling, wo neben dem österreichischen Bindenschild und dem Reichsadler noch heute sein Wappen zu sehen ist.

An der Südwand steht knapp vor dem Choraufgang der 3 m hohe rote Marmorgrabstein von Margarete Ludmannstorferin, geborene Eyczinger, Witwe des Stephan Ludmannstorfer, gestorben 1444. Der Stein stammt also noch von der Vorgängerkirche der heutigen Othmarkirche und ist einer der ältesten Grabsteine der Kirche.

Margarete und ihr Sohn Oswald hatten 1438 die Veste Liechtenstein (Baubeginn vermutlich 1180) von Graf Friedrich von Cilli gekauft. 1441 verkaufte sie ein Grundbuch an das Kloster St. Jakob in Wien, das sich im Stadtarchiv Mödling befindet und wertvolle Informationen über damalige Hausbesitzer liefert.

Der Stein zeigt das Wappen der Ludmannstorfer, drei schräg angeordnete Kugeln, darüber eine große Helmzier mit geschweiften Hörnern und Kugeln daran. Links das alte Stammwappen der Jörger mit zwei Pflugscharen und ebenfalls einer Helmzier darüber.

Die Inschrift besagt:

Anno dom tausent vierhundert und in dem virundvierzigsten ist gestorben die ida frau frau margret ludmanstorferin an gotsleichnams abent der got gnad

Der Grabstein der Margarete Ludmannsdorfer in der Kulturzeitschrift medilihha Nr. 13 - 2015

Zahlreiche Grabsteine aus der Zeit nach 1400 befinden sich an den Innen- und Außenwänden der Othmarkirche. Bis 1897 befanden sich die Grabsteine auf dem Kirchenboden. Sie wurden dann aufgestellt, wodurch die ursprüngliche Lage der Gräber in Vergessenheit geriet. Bei der Restaurierung 1982 wurden sämtliche Grabsteine mit einer Mauerhinterlüftung ausgestattet, um Wasserschäden zu vermeiden.

Ausführliche Beschreibung der Grabsteine in der Kulturzeitschrift medilihha:
Die Grabsteine in der Pfarrkirche St. Othmar in Mödling medilihha Nr. 10 - 2013
Die Grabsteine in der Pfarrkirche St. Othmar in Mödling - Fortsetzung medilihha Nr. 11 - 2014
Die Grabsteine in der Pfarrkirche St. Othmar in Mödling - Nachtrag medilihha Nr. 12 - 2014

In der Othmarkirche wurde auch der ehemalige Pfarrer Dr. Franz Konrad Kief(f)er + 28. Jän. 1694 begraben, und zwar in einer aus Ziegeln gemauerten Gruft. Diese wurde beim Einbau einer Warmluftheizung im Herbst 1969 entdeckt. Ein Grabstein dazu existiert nicht.
Eine ausführliche Beschreibung dieser Gruft befindet sich in der Kulturzeitschrift medilihha:
Eine Gruft in der Pfarrkirche St. Othmar in Mödling medilihha Nr. 24 - 2020

Zwei Grabinschriften (Andre Reisner und Familie und Franz Gueth, + um 1600) befinden sich in der Spitalkirche, der Grabstein von Pfarrer Stephan Vinndorfer (+ um 1500) befindet sich an der südlichen Außenwand der Spitalkirche.