Dachstuhl und Dach wurden im Zuge des Wiederaufbaus unter Marktrichter Wolfgang Ignaz Viechtl 1688/90 erneuert, nachdem die Kirche 1683 durch die Türken beschädigt worden war. Der gewaltige, vierstöckige Dachstuhl wurde vom Wiener Zimmermeister Leonhard Sauer aus Tannenholz ohne einen Eisennagel hergestellt.
Die bis zu 170 Jahre alten Tannen wurden ab Februar 1688 an der Nordwestseite des Anninger geschlagen, am sogenannten Blutgerndl, im Gemeindegebiet von Gaaden. Ein Tannenwald am Anninger ist heute schwer vorstellbar, da der Holzanteil der Tannen im Wienerwald nur mehr 4% beträgt, während heute die Rotbuche 50% ausmacht. Aber noch bei der Waldbestandsaufnahme 1783 war der Anteil der Tannen im Wienerwald etwa gleich hoch wie jener der Buchen.(Immer wieder wird behauptet, dass der Dachstuhl der Othmarkirche aus Lärchenholz gebaut wurde und dass dafür der Eichkogel kahlgeschlagen wurde, beides ist nicht richtig.)
Der Dachstuhl wurde zunächst auf einer Wiese bei Gaaden komplett aufgestellt, dann wieder zerlegt und auf der Kirche aufgebaut. Im Oktober 1690 waren die Arbeiten abgeschlossen.
Die Höhe des Dachstuhls entspricht etwa der Höhe des Kirchenraumes! 1821 bezeichnete der namhafte englische Schiffsbaumeister Dawson den Dachstuhl als das größte Meisterwerk der Zimmermannskunst.
Von Sauer wurden auch die Dachstühle für das Doppelzwiebeldach des Karners und für das Schrannengebäude errichtet.
Der Dachreiter war ursprünglich ebenfalls durch ein Zwiebeldach gedeckt. Bis 1978 befanden sich zwei Glocken im Dachreiter. Er musste einige Male renoviert bzw. erneuert werden. In den Chroniken der Mödlinger Weinhauer wird berichtet:
Anfang des Monats Juli 1808 musste der Turm auf der Pfarrkirche heruntergenommen werden, denn das Holz war verfault. Die Bürgerschaft wurde auf die Schranne zur Beratung gerufen. Der Voranschlag für den neuen Turm betrug aber 2500 Gulden und war den Versammelten zu hoch. Man entschloss sich bloß für ein Kreuz. Dies ging Herrn Florian Niederall, bürgerlicher Hauer hier, so sehr zu Herzen, ebenso seiner Frau, Theresia Niederall, dass sie die Glocke vom Turme nie mehr hören sollten, und sie beratschlagten sich und kamen überein und ließen Zimmermann und Klampfnermeister kommen, die außer dem Material 1600 Gulden begehrten. Es wurde demnach am 19. Juli 1808 angefangen zu arbeiten und aufgehört am 15. September. Sonntag darauf mit feierlichem Hochamt und Te Deum zelebriert. Das Kreuz vergolden hat 50 Gulden gekostet, und der ganze Turm kam auf 2000 Gulden. Dank den Guttätern Niederall!
1900 wurde selbiger Turm von Herrn Leopold Meyer mit einem Kostenaufwand von 2000 Kronen erneuert.
1910 wurden offenbar Arbeiten am Dachstuhl durchgeführt. In der Mödlinger Zeitung wurde am 4. September 1910 (S. 2) berichtet:
St. Othmarkirche. Der Kirchen-Restaurierungsverein gibt durch den bauleitenden Architekten Durk Duursma bekannt, daß, nachdem die Arbeiten am Dachstuhl bis auf weiteres beendet sind, der Gottesdienst und sämtliche kirchliche Funktionen wie vorher stattfinden.
Ursprünglich war das Kirchendach mit Holzschindeln gedeckt, erst 1938 wurden die letzten Schindeln durch Dachziegel des Franziskanerklosters in Wien ersetzt. Im Jahr 1995 wurde die Nordseite des Daches vollständig neu gedeckt, 1996 die Südseite. Die Dachfläche beträgt insgesamt 2400 m².
Inschrift 1882
Inschrift 1869
Inschrift 1982
Neueindeckung Nordseite Oktober 1995
Neueindeckung Südseite 1996